Trong cảnh sống ẩn dật ở chốn tu viện, Anna đã dành hầu hết thời gian vào việc nghiên cứu triết học và lịch sử. Bà cho tổ chức những buổi hội họp các bậc thức giả đáng kính, kể cả những người chuyên nghiên cứu Aristote. Trí tuệ bẩm sinh và kiến thức sâu rộng của Anna là điều hiển nhiên trong vài tác phẩm của bà. Trong số những thứ khác, bà đã làm quen với triết học, văn chương, ngữ pháp, thần học, thiên văn học và y học. Đây chỉ là phỏng đoán bởi vì những lỗi vụn vặt mà có lẽ bà đã trích dẫn Homer và Kinh Thánh xuất phát từ hồi ức khi viết nên tác phẩm nổi tiếng nhất của mình là Alexiad. Những chứng nhân đương thời, giống như giám mục đô thành Ephesus, Georgios Tornikes, coi Anna như một người đã đạt tới "đỉnh cao của trí khôn, cả thế tục lẫn thần quyền."

Là một nhà sử học, Nikephoros Bryennios Trẻ đã cố thực hiện một bài luận mà ông gọi là "Sử liệu", tập trung vào thời trị vì của Alexios I. Ông qua đời năm 1137 trước khi hoàn thành tác phẩm này. Ở độ tuổi 55, Anna tự đứng ra hoàn chỉnh nốt tác phẩm của chồng mình, gọi tác phẩm đã hoàn thiện này là Alexiad, kể về lịch sử cuộc đời và triều đại của phụ hoàng (1081–1118) bằng tiếng Hy Lạp. Alexiad ngày nay là nguồn sử liệu chính có liên quan đến lịch sử chính trị của Đông La Mã từ cuối thế kỷ 11 cho đến đầu thế kỷ 12. Tổng cộng gồm 15 quyển khi hoàn thành.

Trong Alexiad, Anna đã cung cấp cái nhìn sâu sắc về các mối quan hệ chính trị và chiến tranh giữa Alexios I và phương Tây. Bà mô tả sống động các loại vũ khí, những chiến thuật và các trận đánh giữa đôi bên. Điều đáng chú ý rằng bà viết về những sự kiện đã xảy ra hồi còn nhỏ, vì vậy đây không phải là những tài liệu được kiểm chứng ​​đương thời. Tính trung lập của bà bị tổn hại bởi thực tế là bà đang viết lời ca ngợi cha mình và phỉ báng những người kế vị ông. Bất chấp sự thiên vị không chút nao núng này, tài liệu của Anna về cuộc Thập tự chinh thứ nhất vẫn có giá trị lớn đối với lịch sử bởi vì đây là tài liệu chứng nhân Đông La Mã duy nhất vẫn còn lại đến nay. Bà có cơ hội thu thập thông tin từ những nhân vật chính yếu trong tầng lớp cấp cao của Đông La Mã; người chồng Nikephorus Bryennios, đã từng chiến đấu trong cuộc đụng độ với nhà lãnh đạo cuộc thập tự chinh Godfrey thành Bouillon bên ngoài Constantinopolis vào ngày Thứ năm Tuần Thánh năm 1097; và người chú của bà, Georgios Palaiologos, đã có mặt tại Pelekanon vào tháng 6 năm 1097 khi Alexios I thảo luận về chiến lược trong tương lai với Thập tự quân. Như vậy, Alexiad công nhận các sự kiện diễn ra cuộc Thập tự chinh thứ nhất dưới góc nhìn từ tầng lớp cấp cao của Đông La Mã. Nó chuyền tải sự lo âu về quy mô đội quân các nước Tây Âu đang tung hoành ngang dọc lãnh thổ Đế chế, và những nguy hiểm mà họ có thể gây ra cho sự an toàn của kinh thành Constantinopolis. Anna cũng lần đầu tiên nhận ra người Vlach đến từ vùng Balkan với người Dacia, mà trong Alexiad (Chương XIV), đã mô tả địa điểm của họ nằm trên núi Haemus: "...ở hai bên sườn núi có nhiều bộ lạc sống sung túc, người Dacia và cả người Thracia cư trú ở phía bắc, và về phía nam, có nhiều người Thracia và người Makedonia".

Sự nghi ngờ đặc biệt được dành riêng cho nhà lãnh đạo Thập tự quân Bohemond thành Taranto, một người Norman miền Nam nước Ý nằm dưới sự lãnh đạo của phụ thân Robert Guiscard, từng mang quân xâm chiếm lãnh thổ Đông La Mã ở Balkan vào năm 1081.

Văn phong của Anna Komnene rập theo khuôn mẫu các sử gia đời xưa như Thucydides, Polybius và Xenophon.[27] Do đó, nó thể hiện cuộc đấu tranh của Chủ nghĩa Athena mang đặc trưng của thời kỳ này, nhờ vậy mới tạo nên một thứ ngôn ngữ mang tính giả tạo cao độ.[27] Phần lớn, niên đại các sự kiện trong Alexiad có cơ sở vững chắc, ngoại trừ những điều xảy ra sau khi Anna bị đày đến tu viện, và bà không còn được phép tiếp cận văn khố hoàng gia nữa. Dù vậy, quyển sử của bà đã đáp ứng được những chuẩn mực của thời đại mình.[28]

Cho đến bây giờ vẫn chưa ai nắm rõ về thời điểm qua đời của Anna Komnene. Dựa theo kết luận trích từ Alexiad rằng bà vẫn còn sống vào năm 1148. Ngoài ra, Alexiad đã làm sáng tỏ tình trạng rối loạn cảm xúc của Anna. Bà viết rằng không ai có thể nhìn thấy bà được nữa, song vẫn có nhiều người căm ghét bà.[29] Do vậy, bà không ưa cái vị trí cô lập trong xã hội mà tình cảnh lưu vong đã ràng buộc lẫn nhau.